（一）办公室。负责机关文秘、档案、信息、信访、考核、保密、保卫、宣传、教育、政务公开、行政后勤等工作；负责纪检监察的日常工作；负责机关内部的规章制度建设；负责机关、直属事业单位的机构编制、劳动人事、国有资产管理和内部审计工作；负责机关和部份事业单位的财务工作；指导直属单位财务、会计工作。

　　（二）规划计划处。拟订水利中长期发展规划；组织编制和审查市内主要江河流域、跨县（市、区）河流和重要地区水利综合规划、专业规划和专项规划，协调流域开发工作；负责水工程建设合规性审查工作，组织指导有关防洪论证工作，负责重大建设项目防洪论证和水工程建设规划同意书制度的组织实施；审核项目建议书和可行性研究报告；负责全市水利投资计划管理工作；组织水利规划实施情况评估工作；负责水利综合统计工作；组织水利水电科学研究和技术推广工作；承办对外经济技术合作。
　　（三）建设安监处（挂小水电处牌子）。指导水利工程建设管理，负责监督实施水利建设的行业技术标准、规程、规范、定额；负责审核水利建设项目的初步设计；负责水利建设市场的监督管理；负责水利工程咨询、设计、监理、施工、检测、造价、质量与安全监督的管理；依法承担水利行业安全生产工作，指导水库、水电站大坝和江堤、海塘的安全监管；组织实施水利工程建设安全监督；指导水利工程项目的稽察。负责滩涂资源的监督、保护和管理，组织实施有关围垦的地方性法规、规章；负责全市水能资源的规划、开发、利用工作；负责农村水电电气化县的建设和管理工作，归口管理农村水电站；指导全市农村水电站安全生产监督管理；负责制定水电职工培训计划和小水电新技术、新设备推广应用工作。负责全市水利安全生产工作。
　　（四）水政水资源处（挂渔业处牌子，行政审批服务处与其合署）。组织起草与水利法规、规章相配套的规范性文件和解释、备案、清理工作；指导、监督水政监察和水行政执法工作，监督检查水利法律、法规、规章、政策性文件、规划、行政许可的实施；协调、指导水事纠纷的处理，组织、指导水利法制宣传教育工作；负责水利行政许可及渔业的行政审批工作，局行政审批职能向行政审批服务处集中，其他处室不再履行集中的行政审批职能；承办局水行政应诉、行政复议和行政赔偿工作；统一管理和保护水资源，组织水资源论证、取水许可、水资源有偿使用制度的实施和监督，组织指导水资源调查、评价和监测工作，发布全市水资源公报；负责水资源总量控制和定额管理，组织指导水量分配、水功能区划和水资源调度工作并监督实施，核定水域纳污能力，提出限制排污总量建议，指导入河排污口设置工作；指导全市计划用水和节约用水工作；指导饮用水水源保护、地下水资源开发利用、水生态保护和修复等工作；负责规划、审批、监督水土保持工作，负责河道采砂审批；承担渔业的管理和监督、行政审批、行政执法证件管理、执法人员专业法律知识培训、审核渔业行政处罚等行政行为等职责。
　　（五）曹娥江管理处。承担曹娥江流域水环境保护的日常工作，组织开展曹娥江流域水环境保护规划和实施方案编制工作，建立监督检查和考核评价制度；组织划定曹娥江流域水环境重点保护区，开展保护区检查，严厉查处曹娥江流域非法采砂和超范围采砂行为；组织建立曹娥江流域跨界水污染防治联动协调机制，定期公布曹娥江流域水环境保护的有关信息，协调和督促跨界水污染重大事件的及时处理，对流域水环境保护情况开展调查研究。